Μοριακή ταυτοποίηση απομονώσεων του βακτηρίου Pseudomonas viridiflava από διάφορους ξενιστές.

Abstract

Το βακτήριο Pseudomonas viridiflava θεωρείται ότι είναι ένα κοσμοπολίτικο, ευκαιριακό παθογόνο με μεγάλο εύρος ξενιστών. Aνήκει στα φθορίζοντα πηκτινολυτικά βακτήρια και στην ομάδας II των δοκιμών LOPAT, με φαινότυπο (- - + - +). Στην Ελλάδα, το βακτήριο έχει αναφερθεί ως το παθογόνο αίτιο της νέκρωσης της εντεριώνης της τομάτας, της βακτηριακής σήψης της τομάτας, της μελιτζάνας, της πιπεριάς και του χρυσάνθεμου, της βακτηριακής κηλίδωσης της τομάτας, βλήτου, μελιτζάνας, πεπονιάς, αγγουριάς, αγκινάρας, σέλινου, άκανθου και συγκόνιου. Επιπλέον, το βακτήριο έχει αναφερθεί ως ένα πραγματικό ή ευκαιριακό παθογόνο στο ακτινίδιο, στο ραπανάκι, στη φασολιά, στο κρεμμύδι, στη μηδική, στο δαύκο, στην ποισέντια, στην τομάτα και σε πληθώρα άλλων φυτών. Σκοπός της εργασίας αυτής είναι να επιβεβαιωθεί βιοχημικά και μοριακά ο προκαταρτικός προσδιορισμός των βακτηριακών στελεχών ως Pseudomonas viridiflava που υπήρχαν στη συλλογή του εργαστηρίου Βακτηριολογίας του ΤΕΙ Κρήτης. Από 64 απομονώσεις του βακτηρίου, επιλέχθηκαν 26 από διάφορους ξενιστές και αφού επιβεβαιώθηκε η φαινοτυπική ταυτοποίησή τους και ελέγχθηκε η παθογένειά τους, προχωρήσαμε στη μοριακή ταυτοποίηση των 18 εξ αυτών. Από τα αποτελέσματα που προέκυψαν με βάση το μορφολογικό, φυσιολογικό, βιοχημικό φαινοτυπικό προφίλ αλλά και τις δοκιμές παθογένειας, επιβεβαιώθηκε ότι όλα τα βακτηριακά στελέχη ανήκουν στο βακτήριο Pseudomonas viridiflava. Στο ίδιο συμπέρασμα καταλήξαμε χρησιμοποιώντας τη μεθοδολογία αποτύπωσης μέσω της αλληλούχισης πολλαπλών γενωμικών περιοχών (Multilocus Sequence Typing, MLST) με τη χρήση των γονιδίων gyrB, rpoD και rpoB. Οι αλληλουχίσεις των τριών γονιδίων έδειξαν πολύ υψηλή ομολογία με τα στελέχη αναφοράς του Pseudomonas viridiflava που είναι καταχωρημένα στη βάση δεδομένων National Center for Biotechnology Information (NCBI).