Ταυτοποίηση βακτηριακών στελεχών απο καλοκυνθοειδή με κλασικές και μοριακές μεθοδολογίες.

Abstract

Στην παρούσα πτυχιακή εργασία, ταυτοποιήθηκαν βακτηριακά στελέχη που απομονώθηκαν τα τελευταία χρόνια από καλλιέργειες κολοκυνθοειδών στην Κρήτη και διατηρούνται στην συλλογή του εργαστηρίου Βακτηριολογίας του ΤΕΙ Κρήτης. Τα βακτήρια απομονώθηκαν από υπαίθριες και θερμοκηπιακές καλλιέργειες, με σημαντικά ποσοστά προσβολής. Πρόκειται για στελέχη που απομονώθηκαν από καλλιέργειες αγγουριάς, πεπονιάς και καρπουζιάς και οι οποίες προκαταρκτικά βρέθηκαν να ανήκουν στα γένη Pseudomonas spp και Acidovorax spp. Η ταυτοποίηση πραγματοποιήθηκε αρχικά με κλασικές βιοχημικές βακτηριολογικές δοκιμές και στην συνέχεια με μοριακές τεχνικές και μεθοδολογίες ενώ όλες οι απομονώσεις βρέθηκαν να είναι παθογόνες τουλάχιστον στον ξενιστή από τον οποίο απομονώθηκαν. Τα 24 στελέχη που εξετάστηκαν ομαδοποιήθηκαν σε τρεις ομάδες με την πρώτη ομάδα να περιλαμβάνει 14 στελέχη από αγγουριά και πεπονιά που ταξινομήθηκαν στο είδος Pseudomonas syringae, την δεύτερη ομάδα να περιλαμβάνει 6 στελέχη που ταξινομήθηκαν στο είδος Pseudomonas viriflava και την τρίτη ομάδα να περιλαμβάνει τέσσερα στελέχη από καρπουζιά και να ταξινομούνται στο είδος Acidovorax citrulli. Το βακτήριο Acidovorax citrulli αναφέρεται για πρώτη φορά ως παθογόνο αίτιο σε φυτά καρπουζιάς στην Κρήτη.

In this dissertation bacterial strains which have been isolated from curcubitacea crops in Crete over the past few years were identified. These are being kept in the laboratory collection at the Technological Educational Instituted of Crete. The bacterial strains have been isolated from outdoor and greenhouse crops, with significant infection rates. These are strains that have been isolated from cucumber, melon and watermelon plants and they are preliminary found to belong in the species Pseudomonas spp. and Acidovorax spp. The identification was initially conducted with biochemical and bacteriological techniques followed by molecular test and methods. All of the isolations were found to be pathogenic, specifically to the host they have been isolated from. The twenty four (24) strains that were tested were categorised in three groups. The first group includes fourteen (14 ) strains isolated from cucumber and melon plants that were classified in the genre Pseudomonas syringae, the second group includes six (6) strains that were classified in the genre Pseudomonas viridiflava and the last group includes four (4) strains isolated from watermelon plants that were classified in the genre Acidovorax citrulli. The bacteria Acidovorax citrulli is being referred for the first time as a pathogenic cause in watermelon crops in Crete.