Μελέτη και ανάπτυξη λογισμικού για συσκευές microasrrays στη βιοτεχνολογία.

Abstract

Tα microarrays ή αλλιώς DNA chips στην βιοτεχνολογία είναι διατάξεις μικροσταγονιδίων που έχουν τοποθετηθεί πάνω σε ένα πλακίδιο για να χρησιμοποιηθούν στην ανίχνευση της ύπαρξης μεταλλάξεων σε γενετικό υλικό. Το κάθε μικροσταγονίδιο περιέχει σε διάλυμα μόρια με ακολουθία βάσεων (oligos) που αντιστοιχούν στην μετάλλαξη που θέλουμε να ανιχνευτεί στο γενετικό υλικό προς εξέταση. Επίσης κάποια μικροσταγονίδια περιέχουν oligos χωρίς μεταλλάξεις (υγιή), ή και ανύπαρκτες στο ανθρώπινο γονιδίωμα ακολουθίες για να ελεγχθεί η σωστή λειτουργία του microarray. Ο σχεδιασμός του microarray και το τι είδους υλικό (oligo) θα τοποθετηθεί σε κάθε σημείο του microarray (τοποθέτηση του μικροσταγονίδιου με ειδική συσκευή –spotter-), είναι μία σημαντική διαδικασία που γίνεται από τους βιολόγους που σχεδιάζουν το πείραμα και απαιτείται η χρήση εξειδικευμένου λογισμικού. Στα πλαίσια της συγκεκριμένης πτυχιακής σχεδιάστηκε ένα κατάλληλο λογισμικό οπού στόχο έχει να βοηθήσει τους βιολόγους να εκτελέσουν ένα μεγάλο φάσμα πειραμάτων μικροσυστοιχιών τα χαρακτηριστικά του οποίου θα παρουσιαστούν εκτενέστερα στις παρακάτω ενότητες. Στα επόμενα κεφάλαια ο αναγνώστης έχει τη δυνατότητα να περιηγηθεί στον κόσμο των microarrays και να λάβει γνώση για τον χώρο στον οποίο δραστηριοποιούνται και τις δυνατότητες που προσφέρουν στους χρήστες τους καθώς επίσης να δει την ανάπτυξη ενός υποτυπώδους λογισμικού για πειράματα με microarrays.